Bệnh thương hàn đặc trưng bởi sốt liên tục, sốt cao lên đến 40 °C (104 °F), vã nhiều mồ hôi, viêm dạ dày ruột và tiêu chảy không có màu. Ít gặp hơn là bang dát, chấm màu hoa hồng có thể xuất hiện[3]

Một cách điển hình, diễn tiến của bệnh thương hàn không được điều trị được chia làm bốn giai đoạn riêng rẽ, mỗi giai đoạn kéo dài khoảng một tuần.

Trong tuần đầu tiên, có một sự gia tăng nhiệt độ từ từ tương ứng với chậm nhịp tim, khó chịu, nhức đầu và ho. Chảy máu mũi (chảy máu cam) gặp ở một phần tư các trường hợp và đau bụng cũng có thể có. Giảm bạch cầu, giảm số lượng bạch cầu trong tuần hoàn, giảm bạch cầu ưa axit tương quan với tăng bạch cầu lympho, phản ứng diazo và nuôi cấy máu dương tính với Salmonella Typhi hay Paratyphi. Test Widal kinh điển âm tính trong tuần đầu tiên.

Vào tuần thứ hai của bệnh, bệnh nhân nằm liệt giường với sốt cao dạng cao nguyên quanh 40 °C (104 °F) và nhịp tim chậm (phân ly mạch nhiệt), điển hình là với mạch dội đôi. Luôn có mê sảng, li bì nhưng thỉnh thoảng bị kích thích. Sự mê sảng làm cho bệnh thường hàn có biệt danh là "sốt thần kinh" (nguyên gốc là: nervous fever). Chấm hoa hồng xuất hiện ở phần thấp của ngực và bụng ở khoảng 1/3 bệnh nhân. Có ran ngáy ở đáy phổi. Bụng chướng căng và đau ở một phần tư dưới phải nơi có thể nghe được sôi bụng. Tiêu chảy có thể xảy ra trong giai đoạn này, đi cầu sau đến tám lần trên ngày, phân màu xanh lục mùi đặc trưng, có thể so sánh với mùi súp đậu. Tuy nhiên táo bón cũng thường hay gặp. Gan và lách lớn, mềm và transaminases tăng. Phản ứng Widal dương tính rõ với kháng thể kháng O và kháng H. Nuôi cấy máu thỉnh thoảng vẫn dương tính trong giai đoạn này.

Trong tuần thứ ba của thương hàn, một số biến chứng có thể xảy ra:

• Xuất huyết tiêu hóa, do chảy máu từ mảng Peyer xung huyết; có thể rất trầm trọng những thường không gây tử vong
• Thủng ruột non ở đoạn xa hồi tràng; đây là biến chứng cực kỳ trầm trọng và thường xuyên gây tử vong. Nó có thể xảy ra mà không có triệu chứng cảnh báo cho đến khi nhiễm trùng huyết và viêm phúc mạc lan tỏa bắt đầu.
• Viêm não
• Gây mủ ở cơ quan khác, viêm túi mật, viêm nội tâm mạc tim, viêm xương.

Nhiệt độ tiếp tục tăng và rất ít dao động suốt hơn 24 giờ. Mất nước xảy ra sau đó và bệnh nhân mê sảng (trạng thái thương hàn). Đến cuối tuần thứ ba, sốt bắt đầu giảm (hạ sốt).Nó tiếp tục đến tuần thứ 4 và tuần cuối cùng